Rejestracja podzielona jest na dwa etapy. Po pierwszym (pre-rejestracji) nauczyciel powinien otrzymać e-mail na podany przez siebie adres mailowy z linkiem, pod którym dokończy proces rejestracji. Często mail ten trafia do Spamu (należy to sprawdzić). Jeśli mail nie przyjdzie w ciągu 30 minut, należy skontaktować się z działem helpdesk (etwinning@frse.org.pl).
Bez przeprowadzenia drugiego etapu nie zostanie utworzone konto nauczyciela w eTwinning.

Czasem nie można wysłać formularza pre-rejestracyjnego. Jest to najczęściej spowodowane użyciem loginu lub adresu mailowego zajętego już przez innego użytkownika (należy zmienić swoją propozycję). System sygnalizuje to ‘czerwonymi’ komunikatami. Warto zapamiętać i zapisać podawane w formularzu login i hasło.

Kolejnym przyczyną problemów jest zbyt długie wypełnianie formularza w drugim etapie rejestracji. Jest on aktywny tylko 30 minut. Aby proces skończył się sukcesem nie wolno tego czasu przekraczać. Wszystkie zamieszczone w trakcie wypełniania Formularza dane można później edytować, poprawiać je lub zmieniać.